После убийства Орочимару, Учиха Саске решает осуществить свою главную цель- убийство брата. Для этого, как известно, он собирает команду, под названием "Хеби". Компания, в которую кроме самого Учихи входят Суйгецу, Карин и Джуго, отправляются вместе с Саске.
В это же время, Наруто, еще не потерявший надежду найти его и вернуть, вновь отправляется за другом. В то время как Узумаки и компания разыскивали Учиху, сам Саске уже выполнил свою главную цель. Он и Акацуки твердо уверены, что Итачи мертв.
После того, как Саске узнал о тайне его брата, и о войне между кланами, в его голове сразу зарождается идея новой мести. На этот раз он решил уничтожить "верхушку" Конохи, из-за которой его сильный клан был забыт и удостоен лишь патрулирования деревни, дабы Учихи не могли навредить внутренней политике. Хеби и Акацуки заключают договор, по условию которого последние должны помочь Саске с устранением глав Конохи, а команда Учихи устранить восьмихвостого.
Когда Хеби отправляется исполнять обещание, Карин неожиданно чувствует сильную чакру, и Учиха понимает, что она пренадлежит Наруто... Переждав некоторое время и связавшись с Тоби, Саске получает разрешение убить Девятихвостого.
Акацуки же начали готовить свое нападение на Деревню Скрытого Листа. Лидерами организации во время этой миссии стал Пейн и его напарница Конан. Но, не смотря на силу и проницательность членов Акацук, они все же пропустили один момент. Это была ошибка как и Саске, так и Мадары, не желавшего проверять, действительно ли мертв другой Учиха... Да, Итачи выжил. Незаметно для других еще несколько лет назад парень начал изучать одну из запретных техник. Акацуки не стали интересоваться, чем он замнимается, но проницательный Итачи знал, что когда придет этот момент. И во время битвы с братом, в самый последний момент, ему удается использовать эту технику, позволяющую ему ненадолго покинуть свое тело. Его дух полностью переселился во временное тело, которым была одна из найденных им марионеток мертвого Сасори. Вернувшись в свое искалеченное тело, а так же потеряв Аматерасу, Итачи долго пришлось регенерировать свое тело. Наконец, востановивши силы, Итачи собрал небольшую команду из сильных шиноби-преступников, нуждающихся покровительства. Учиха, не потреявший любовь и веру в брата, не хотел чтобы Саске шел таким жестоким путем и чтобы его родная деревня была уничтожен. Итачи был готов идти против своих бывших напарников.
Организация Акацуки неумолимо приближается к Конохе, которая, обратившись к Суне за помощью, во всю готовила оборону деревни, узнав о намерении преступной организации. Итачи и его команда надеялись перехватить их по дороге. Учиха знал, что даже если Саске хотел устранить только верхушку, то Акацуки и следа от Конохи не сотавят. В то же время Хеби готовит нападение на команду Какаши и еще нескольких ниндзя, ничего не значющих об Акацуках.
Спасется ли Коноха, сможет ли Итачи, тайна которого раскрыта, помочь деревне и заслужить уважение своего брата? А главное, чем закончится битва команд Какаши и Саске?